Identificación y secuenciación de SARS-CoV-2 en una leona africana (Panthera leo), bajo el cuidado técnico profesional, en Colombia

Objetivo Identificar y caracterizar el virus SARS-CoV-2 en una leona africana (Panthera leo), hembra, de edad avanzada, que presentó por varios meses signos relacionados con enfermedad respiratoria atípica. Métodos Se tomaron muestras de hisopados nasales 23 días después de haber reportado secreción nasal inicial. Se realizó la detección del virus SARS-Cov2 mediante RT-qPCR y posteriormente se caracterizó el genoma completo mediante secuencia Illumina. Resultados Desde el punto de vista clínico, los resultados encontrados en las muestras de sangre no mostraron cambios evidentes que se pudieran relacionar con el virus o con todos los signos descritos desde el inicio del caso. Para la secuenciación genómica los análisis mostraron una alineación múltiple comparativa entre los tres genomas (muestra Leona, FIP u NC_045512 [Wu han]) por medio de Mauve, centrado en los genes Spike, E y M (archivo complementario, parte B). Se logró identificar 5 segmentos muy similares entre Leona y NC_045512 (Wuhan). Conclusiones Es necesario adelantar más investigaciones para estandarizar el diagnóstico de esta patología en los animales. Así mismo, se requieren estudios genómicos en estas especies. Además, se evidenció con la revisión del estado de la cuestión que existen muchos vacíos del conocimiento en la implicación zoonótica de la pandemia y en el conocimiento de este virus en animales domésticos y silvestres, lo que supone un reto importante para las investigaciones de aquí en adelante.

Objective To identify and characterize the SARS-CoV-2 virus in an elderly African lioness (Panthera leo) that presented signs related to atypical respiratory disease for several months. Methods Nasal swab samples were taken 23 days after infection. have reported initial nasal discharge. Results The SARS-Cov2 virus was detected by RT-qPCR and the complete genome was subsequently characterized by Illumina sequencing. The results found in the blood samples did not show obvious changes that could be related to the virus or to the signs described from the beginning of the case. For genomic sequencing the analyzes showed a comparative multiple alignment between the three genomes (sample Leona, FIP or NC_045512 (Wu han)) by means of Mauve, focusing on the Spike, E and M genes (Supplementary file, part B); 5 very similar segments between Leona and NC_045512 (Wuhan) was identified. Conclusions It is necessary to carry out more research to standardize the diagnosis of this pathology in animals and guarantee access to it. Also, genomic studies in these species. Additionally, it was evidenced with the literature review that there are many knowledge gaps in the zoonotic implication of the Pandemic and in the knowledge of this virus in domestic and wild animals, which represents an important challenge for research from now on.

Análisis genómico del resistoma de la cepa de Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistente y persistente en hospitales colombianos / Genomic analysis of the resistome of the strain of Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistant and persistent in colombian hospitals

Acinetobacter baumannii es una bacteria, causante de infecciones asociadas a la atención en salud como neumonía, septicemia, meningitis e infecciones urinarias entre otras. Se caracteriza por su capacidad para desarrollar y acumular rápidamente una gran variedad de mecanismos de resistencia a antibióticos. En esta investigación se realizó el análisis genómico de una cepa de A. baumannii ABIBUN 107m que forma parte de un clon persistente en hospitales colombianos, resistente a los antibióticos carbapenémicos (imipenem y meropenem), antibióticos de elección en el tratamiento infecciones causadas por este microorganismo. El genoma de esta bacteria fue secuenciado utilizando técnicas de alto rendimiento, ensamblado y anotado, obteniéndose un genoma constituido por 3954000 pb con 56 contigs; consta de 4256 genes con un tamaño promedio de 912 pb; 3796 CDS de los cuales por anotación 2884 se asignaron a COG; 57 tRNA y un porcentaje de GC de 38,74%. A. baumannii ABIBUN 107m es resistente a β-lactámicos, aminoglicósidos, quinolonas, tetraciclina, sulfonamida y colistina. En su genoma se localizaron genes asociados con el perfil de resistencia ya que presenta serin β-lactamasas (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metalo β-lactamasa_B; proteínas de unión a penicilina de elevada masa molecular, secuencias de inserción tipo ISAba1; mutaciones en los genes de DNA girasa y topoisomerasa IV subunidad A (gyrA y parC); enzimas modificadoras de aminoglicósidos (aphA-like, aad -like); cloranfenicol aciltransferasa (cat) y dehidropteroato sintasa (sul-1). Se identificaron genes pertenecientes a cinco familias de sistemas de eflujo (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).

Acinetobacter baumannii is a bacterium causing health care associated infections such as pneumonia, septicemia, meningitis and urinary infections amongst others. It has great capacity to quickly develop and gather a big variety of drug resistance mechanisms. In this research, the genome of strain A. baumannii ABIBUN 107m was analyzed wich forms part of a persistent clon in Colombian hospitals and it’s also resistant to carbapenems (imipenem and meropenem), which are the election antibiotics for treatment of infections caused by this microorganism. The genome was sequenced using high performance technology, assembled and annotated. As a result, we obtained a 3954000 bp genome, with 56 contigs; 4256 genes with average size of 912 bp; 3796 CDS; 2884 were assigned to COG; 57 tRNA and GC percentage of 38,74%. The A. baumannii strain ABIBUN 107m, is resistant to the following antibiotic groups: β-lactams, aminoglycosides, quinolones, tetracycline, sulfonamide and colistin. Genes associated with this resistance profile were found in A. baumannii ABIBUN 107m genome serino β-lactamases (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metallo β-lactamase_B; High Molecular Mass penicillin binding proteins, ISAba1 type insertion sequences, mutations of DNA gyrase and topoisomerase IV subunit A (gyrA and parC); aminoglycoside modifying enzymes (aphA-like, aadA-like); choramphenicol acyltransferase (cat) and dehydropteroate synthase (sul-1). Genes belonging to five different efflux systems were identified (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).

Identificación por PCR-SSCP de genes de cefotaximasas en aislamientos hospitalarios de Enterobacteriaceae / Identification of genes for cefotaximases in hospital isolates of Enterobacteriaceae by PCR-SSCP

Las cefotaximasas (CTX-M) son las beta-lactamasas de espectro extendido más ampliamente diseminadas entre especies de la familia Enterobacteriaceae, y son la causa principal de resistencia en aislamientos causantes de infección intrahospitalaria. El objetivo del presente trabajo fue identificar variantes de cefotaximasas del grupo CTX-M-1 mediante el análisis del polimorfismo conformacional de cadena sencilla (SSCP) de frag-mentos de restricción provenientes de los productos de la amplificación por PCR de los genes blaCTX-M. Con el procedimiento PCR-SSCP estandarizado, en este trabajo se analizaron 49 aislamientos de enterobacterias recolectados en 8 hospitales de Bogotá, D.C., adscritos a la Secretaría Distrital de Salud. Se detectaron las variantes CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a, y CTX-M-1 y una nueva variante denominada CTX-M-60. Todas las variantes fueron detectadas tanto en aislamientos intrahospitalarios como de la comunidad, lo que indica posible movilidad de estos genes desde y hacia los centros hospitalarios. Esta publicación constituye el primer reporte en Colombia de la variante CTXM-12a y la nueva variante evolutiva CTX-M-60.

CTX-M cefotaximases are the most widely distributed extended-spectrum beta-lactamases among Enterobacteriaceae and they are an important cause of microbial resistance in nosocomial infection-causing isolates. The object of this work was to identify group 1 CTX-M cefotaximase variants from PCR amplified blaCTX-M genes by single-stranded conformational polymorphism of restriction fragments (RF-SSCP). We analysed 49 Enterobacteria isolates using the RF-SSCP procedure standardised in this work; isolates were collected from eight hospitals attached to the Bogota Health Secretariat (Secretaría Distrital de Salud). CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a and CTX-M-1 variants were detected as well as a new one, designated CTX-M-60. All variants were detected in hospital and community isolates thereby indicating these genes’ possible high mobility from and towards hospital centres. This study represents the first report in Colombia of CTXM-12a and of the new evolutionary variant: CTX-M-60.

Diseño de un modelo bioinformática para la detección, identificación y clasificación de genes codificantes de ß-lactamasas, como herramienta para el cruce de datos moleculares con datos clínicos / Bioinformatics model design for the detection, identification and classification of ß-lactamases genes, as a tool for crossing molecular data with clinical data

El seguimiento epidemiológico y farmacológico de la resistencia a antibióticos ß-lactámicos mediada por la presencia de ß-lactamasas requiere identificación precisa, lo cual es posible mediante la secuencia del gen, que es identificado con herramientas bioinformáticas que se incorporan a sistemas de información. Para implementar un prototipo de sistema de información que permite clasificar secuencias de genes de ß-lactamasas producidas por microorganismos resistentes aislados en hospitales y realizar su cruce con los datos clínicos, se obtuvieron las secuencias de ß-lactamasas reportadas a escala mundial en la base de datos Uniprot utilizando el sistema de recuperación de secuencias (SRS) del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), se diseñó un sistema de datos moleculares y clínicos usando "Unified Modeling Language" (UML), y se generó un modelo implementado en un servidor con sistema operativo UNIX, gestor de bases de datos MySQL para realizar la creación de la base de datos y lenguajes de programación Perl y PHP para implementar programas y cruzar datos. El sistema de información BLA-ID-CLINIC permite hacer el cruce de datos moleculares y clínicos, de tal forma que se puedan identificar las ß-lactamasas de microorganismos resistentes en hospitales y hacer un seguimiento del manejo de los antibióticos y el comportamiento epidemiológico, modelo bioinformático permanentemente actualizado, disponible a través de Internet en http://bioinf.ibun.unal.edu.oc/BLA_ID_CLINIC.

The epidemiology and pharmacology of the b-lactamic antibiotics resistance at hospital level mediate by the presence of ß-lactamasas requires of their precise identification, possible through the gene sequence that can be identified using bioinformatics tools and incorporated into the information systems. Prototype of information system BAL-ID-CLINIC was implemented for allowing genes sequences classification of ß-lactamases produced by isolated resistant microorganisms in hospitals and their crossing with the clinical data. The information system was development using Unified Modeling Language UML and the prototype was implemented in an Unix server, using MySQL management system for data base building and Perl and PHP as a programming languages for writing scripts that obtain cross relationship between the different kind of data inside the system and the result report presentation. BLA-ID-CLINIC allows crossing of molecular and clinical data. It can identify ß-lactamasas produced by resistant microorganisms isolated in hospital patients and can give information related with the antibiotics management and the epidemiologic behavior. The bioinformatics prototype BLA-ID-CLINIC is permanently updated and available through Internet in http://bioinf.ibun.unal.edu.oc/BLA_ID_CLINIC.